Qu'y a-t-il derrière notre COVID

L'UC Davis "passe le test COVID avec brio", a déclaré Stephanie Ruhle de MSNBC, utilisant un jeu de mots alors qu'elle concluait une récente interview avec le professeur Brad Pollock, doyen associé pour les sciences de la santé publique, sur le programme de test COVID-19 de l'université.

Le programme de test de salive a débuté le 14 septembre lorsque les étudiants ont commencé à emménager dans les logements du campus pour le trimestre d'automne, puis s'est étendu pour servir la communauté via Healthy Davis Together.

Plus tôt ce mois-ci, le UC Davis Genome Center a testé le 100 000e échantillon de salive. Ici, nous examinons ce qui se cache derrière le test et comment il s'est déroulé.

Les machines de PCR quantitative à haut débit IntelliQube, utilisant la technologie "array-tape", sont essentielles au programme de test. Au lieu de tubes ou de plaques d'échantillons avec des puits, les machines analysent des bandes imprimées avec des milliers de minuscules puits, chacun pouvant effectuer une réaction PCR.

Développées à l'origine pour être utilisées dans la génétique agricole, les machines à bande matricielle peuvent exécuter des milliers de tests PCR par jour, bien plus que les machines conçues spécifiquement pour les diagnostics médicaux.

Le professeur de sciences végétales Richard Michelmore, directeur du Genome Center, et son équipe ont développé le programme de test et l'ont proposé au campus. Le financement est arrivé jusqu'au 4 août, un peu plus d'un mois avant l'arrivée des étudiants. "Cela a déclenché une énorme mobilisation sur le campus", a déclaré Michelmore.

Faire le test implique la simple question de cracher dans un tube et les résultats sont généralement renvoyés dans un délai d'un à deux jours. Le test est destiné aux personnes qui ne présentent pas de symptômes de COVID-19 : les étudiants présentant des symptômes doivent se rendre aux services de santé et de conseil aux étudiants, tandis que les autres doivent se rendre chez leurs prestataires de soins de santé.

Les tests nécessitent de prendre rendez-vous - dans le cadre d'un processus en ligne qui produit un code-barres individualisé qui, à votre arrivée pour le test, est associé à un code-barres sur votre tube d'échantillon. Prenez une gorgée d'eau, remettez-la dans le tube, bouchez-la et le tour est joué.

Les tubes à code-barres anonymisés sont acheminés au centre de génomique, où les échantillons sont traités thermiquement pour inactiver tout virus. Les particules du virus SARS-CoV2 survivent bien dans la salive, a noté Michelmore.

Les échantillons sont ensuite traités avec de la papaïne protéase (aka attendrisseur de viande) pour réduire la viscosité de la salive et transférés dans des plaques en plastique à 384 puits, puis automatiquement transférés sur du ruban adhésif. La réaction dure environ une heure et demie ; chaque IntelliQube peut exécuter environ 6 000 tests par jour de 12 heures. Les résultats sont analysés avec le logiciel UgenTech FastFinder basé sur le cloud.

Le test PCR est adapté des protocoles approuvés par la Food and Drug Administration. Le laboratoire est approuvé par la CLIA en tant qu'extension du laboratoire du centre de santé étudiant UC Davis.

Le test peut détecter aussi peu que 15 copies du virus dans un microlitre de salive, en dessous du seuil de ce qui est susceptible d'être un individu infectieux. Initialement, les tests de salive ont été comparés à des écouvillons nasaux prélevés en même temps et traités dans un laboratoire commercial, mais cela a été interrompu une fois que l'exactitude du test de salive a été confirmée.

Deux équipes distinctes de personnel technique, dirigées par Lutz Froenicke, responsable de DNA Technology Core, travaillent pour exécuter les tests à des jours différents avec une équipe de réserve en renfort.

Michelmore a crédité un "effort massif sur le campus" pour la mise en place et le fonctionnement du programme de test, y compris Ralph Greene du Département de pathologie et de médecine de laboratoire de l'UC Davis, Cindy Schorzmann, directrice médicale des services de santé et de conseil aux étudiants, et Sheri Belafsky de l'UC. Programme de surveillance médicale de Davis - et bien d'autres qui ont travaillé pour mettre en place et faire fonctionner les kiosques de test, acquérir des machines et du matériel, effectuer des tests et analyser et rapporter les résultats.

Bien que Michelmore ait reçu de nombreuses demandes d'autres universités et entreprises, il a noté qu'ils ne prévoyaient pas actuellement d'étendre les tests au-delà de UC Davis, Davis, d'autres emplacements dans le comté de Yolo et UC Merced en raison de la capacité limitée. Cependant, il a noté qu'aucun des protocoles et des flux de travail n'est breveté et ne pourrait être reproduit par d'autres.

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